Group of Integrated Genomic Breeding

Boost up
Breeding!

統合ゲノム育種グループ

Boost up
Breeding!

統合ゲノム育種グループ


イネ品種のゲノム情報を利用して、
品種改良を加速します!


 イネの生産性や環境ストレス耐性を素材として、品種改良の原動力である膨大なイネ遺伝資源の特徴をゲノム構成の観点から明らかにし、さまざまな育種目標に対応可能な遺伝子(群)を見出す方法を開発していきます。また、交雑育種におけるゲノムや染色体の動態を明らかにし、有用な遺伝子や農業形質を最短で品種育成につなげる技術を開発します。
 作物のゲノム研究の最も直接的な応用場面は品種改良です。「10年1品種」「経験と勘」と言われている稲の品種改良のプロセスにゲノム情報を活用することで、変化する地球環境や社会情勢に対応した新品種を迅速につくり出す仕組みを構築できればと考えています。

イネ品種のゲノム情報を利用して、
品種改良を加速します!


 イネの生産性や環境ストレス耐性を素材として、品種改良の原動力である膨大なイネ遺伝資源の特徴をゲノム構成の観点から明らかにし、さまざまな育種目標に対応可能な遺伝子(群)を見出す方法を開発していきます。また、交雑育種におけるゲノムや染色体の動態を明らかにし、有用な遺伝子や農業形質を最短で品種育成につなげる技術を開発します。
 作物のゲノム研究の最も直接的な応用場面は品種改良です。「10年1品種」「経験と勘」と言われている稲の品種改良のプロセスにゲノム情報を活用することで、変化する地球環境や社会情勢に対応した新品種を迅速につくり出す仕組みを構築できればと考えています。
  • Research

コシヒカリ X 世界の多様性

 
日本で最も重要なイネ品種であるコシヒカリを遺伝的背景とし、世界の多様なイネ遺伝資源を供与親とした染色体断片置換系統群を作出し、農業形質の網羅的理解に必要な研究基盤の構築を進めてきました。

日本の近代イネ品種のゲノム構成を明らかに

 
国際コンソーシアムで解読されたイネゲノム配列(品種名:日本晴)と独自に解読したコシヒカリ等のゲノム配列の比較から、日本のイネ品種間の遺伝多型を高頻度で検出するSNP情報を整理し、これを用いて日本の近代イネ品種のゲノム構成を明らかにしました。

日本の近代イネ品種の
ゲノム構成を明らかに

 
国際コンソーシアムで解読されたイネゲノム配列(品種名:日本晴)と独自に解読したコシヒカリ等のゲノム配列の比較から、日本のイネ品種間の遺伝多型を高頻度で検出するSNP情報を整理し、これを用いて日本の近代イネ品種のゲノム構成を明らかにしました。

実用的な育種素材へ

 
イネの個葉光合成速度に関わる量的形質遺伝子座の単離同定を行うとともに、それらの準同質遺伝子系統を用いた収量性への貢献を評価し、実用的な育種素材としての可能性を検討してきました。

植物人工染色体をつくる

 
染色体の機能要素を含むDNA鎖は、「人工染色体」として機能します。人工染色体には、(1)長いDNAを保持できる、(2)安定な遺伝子発現が保証される、(3)組換えDNAの伝達を制御できる。などの利点があります。最近、私たちのグループでは、トランスポゾンと特異的組換え系を組合わせてシロイヌナズナの環状人工染色体をトップダウン法(通常の染色体を染色体機能要素のみを残して小型化する方法)により作出しました。

動原体を改変して半数体をつくる

 
半数体は倍加半数体による育種年限の短期化に利用できますが、半数体が得られる種は限られています。シロイヌナズナやトウモロコシでは、動原体の機能を部分的に失わせた系統と野生型系統を交配すると野生型系統由来の染色体をもつ半数体ができることが報告されました。私たちはこれまでの基礎研究で得られた結果を活かし、これらの種で用いられた方法を簡便化することにより多くの種で利用可能な半数体作出系を開発しています。

エピジェネティック修飾を見る

 
植物を形作る個々の細胞は、その役割に応じて、組織内で異なるエピジェネティック修飾パターンをもつと考えられます。しかし、これまでの方法は細胞集団をバルクで解析する為、個々の細胞のエピジェネティック修飾パターンを知ることができませんでした。私たちは植物組織内で細胞の位置情報を維持したまま1細胞レベルでエピジェネティック修飾を解析する方法を開発しています。

  • Member

教授:山本 敏央 Prof. YAMAMOTO, Toshio
E-mail:yamamo101040@(@以下はokayama-u.ac.jp を付けてください)
専門分野: 作物育種学

准教授:長岐 清孝 Assoc. Prof. NAGAKI, Kiyotaka
E-mail:nagaki@(@以下はokayama-u.ac.jp を付けてください)
専門分野: 分子細胞遺伝学

助教:古田 智敬 Assist. Prof. FURUTA, Tomoyuki
E-mail:f.tomoyuki@(@以下はokayama-u.ac.jp を付けてください)
専門分野:植物遺伝育種学

技術職員:柏原 壱成 KASHIHARA, Kazunari

  • Publications
(メンバーの前所属の業績も含まれています)
Fukuda, A., Kondo, K., Ikka, T., Takai, T., Tanabata, T., and Yamamoto, T. 2018. A novel QTL associated with rice canopy temperature difference affects stomatal conductance and leaf photosynthesis. Breeding Science, doi.org/10.1270/jsbbs.17129 

 
Ogawa, D., Yamamoto, E., Ootani, T., Kanno, N., Tsunematsu, H., Nonoue, Y., Yano, M., Yamamoto. T. (co-corresponding), and Yonemaru, J. 2018. Haplotype-based allele mining with JAPAN MAGIC population in rice. Scientific reports, 8: 4379 

 
San, N.S., Ootsuki, Y., Adachi, S., Yamamoto, T., Ueda, T., Tanabata, T., Motobayashi, T., Ookawa, T., and Hirasawa, T. 2018. A near-isogenic rice line carrying a QTL for larger leaf inclination angle yields heavier biomass and grain. Field Crops Research, 219:131-138 

 
Kobayashi, A., Hori, K., Yamamoto, T. (corresponding), and Yano, M. 2018. Koshihikari: a premium short-grain rice cultivar – its expansion and breeding in Japan. Rice 11: 15

 
Reuscher, S., Furuta, T., Bessho-Uehara, K., Cosi, M., Jena, K.K., Toyoda, A., Fujiyama, A., Kurata, N., Ashikari, M. 2018. Assembling the genome of the African wild rice Oryza longistaminata by exploiting synteny in closely related Oryza species. Communications biology, 1: 162 

 
Kuroha, T., Nagai, K., Gamuyao, R., Wang, D.R., Furuta, T., Nakamori, M., Kitaoka, T., Adachi, K., Minami, A., Mori, Y., Mashiguchi, K., Seto, Y., Yamaguchi, S., Kojima, M., Sakakibara, H., Wu, J., Ebana, K., Mitsuda, N., Ohme-Takagi, M., Yanagisawa, S., Yamasaki, M., Yokoyama, R., Nishitani, K., Mochizuki, T., Tamiya, G., McCouch, S.R., Ashikari, M. 2018. Ethylene-gibberellin signaling underlies adaptation of rice to periodic flooding. Science, 361(6398): 181-186 

 
Nagaki, K., Yamaji, N., and Murata, M. 2017. ePro-ClearSee: a simple immunohistochemical method that does not require sectioning of plant samples. Scientific reports, 7: 42203

 
Nakano, H., Yoshinaga, S., Takai, T., Arai-Sanoh, Y., Kondo, K., Yamamoto, T., Sakai, H., Tokida, T., Usui, Y., Nakamura, H., Hasegawa, T., and Kondo, M. 2017. Quantitative trait loci for large sink capacity enhance rice grain yield under free-air CO2 enrichment conditions. Scientific reports 7: 1827

 
Yamamoto, T., Suzuki, T., Suzuki, K., Adachi, S., Sun, J., Yano, M., Ookawa, T., and Hirasawa, T. 2017. Characterization of a genomic region that maintains chlorophyll and nitrogen contents during ripening in a high-yielding stay-green rice cultivar. Field Crops Research 206: 54-64

 
Adachi, S., Yoshikawa, K., Yamanouchi, U., Tanabata, T., Sun, J., Ookawa, T., Yamamoto, T., Sage, R.F., Hirasawa, T., and Yonemaru, J. 2017. Fine mapping of Carbon Assimilation Rate 8, a quantitative trait locus for flag leaf nitrogen content, stomatal conductance and photosynthesis in rice. Frontiers in plant science 8: 60 

 
Hori, K., Yamamoto, T., and Yano, M. 2017. Genetic dissection of agronomically important traits in closely related temperate japonica rice cultivars. Breeding Science 67(5): 427-434

 
Bessho-Uehara, K., Furuta, T., Masuda, K., Yamada, S., Angeles-Shim, R.B., Ashikari, M., Takashi, T. 2017. Construction of rice chromosome segment substitution lines harboring Oryza barthii genome and evaluation of yield-related traits. 
Breeding science, 67(4): 408–415 

 
Furuta, T., Ashikari, M., Jena, K.K., Doi, K., Reuscher, S. 2017. Adapting genotyping-by-sequencing for rice F2 populations. G3, 7(3): 881-893 

 
Ookawa, T., Aoba, R., Yamamoto, T., Ueda, T., Takai, T., Fukuoka, S., Ando, T., Adachi, S., Matsuoka, M., Ebitani, T., Kato, Y., Mulsanti, I.W., Kishii, M., Reynolds, M., Piñera, F., Kotake, T., Kawasaki, S., Motobayashi, T., and Hirasawa, T. 2016. Precise estimation of genome regions controlling lodging resistance using a set of reciprocal chromosome segment substitution lines in rice. Scientific Reports 6: 30572

 
Matsubara, K., Yamamoto, E., Kobayashi, N., Ishii, T., Tanaka, J., Tsunematsu, H., Yoshinaga, S., Matsumura, O., Yonemaru, J., Mizobuchi, R., Yamamoto, T., Kato, H., and Yano, M. 2016. Improvement of rice biomass yield through QTL-based selection. PLoS ONE 11(3): e0151830 

 
Endo, T., Chiba, B., Wagatsuma, K., Saeki, K., Ando, T., Shomura, A., Mizubayashi, T., Ueda, T., Yamamoto, T., and Nishio, T. 2016. Detection of QTLs for cold tolerance of rice cultivar ‘Kuchum’ and effect of QTL pyramiding. Theoretical and Applied Genetics 129(3): 631-640 

 
Yamamoto, T., Suzuki, T., Suzuki, K., Adachi, S., Sun, J., Yano, M., Ookawa, T., and Hirasawa, T. 2016. Detection of QTL for exudation rate at ripening stage in rice and its contribution to hydraulic conductance. Plant Science 242: 270-277 

 
山本敏央(2016)バイオマス増大に向けたイネ次世代育種法の開発と利用 JATAFFジャーナル Vol.4(5):65
 
Furuta, T., Uehara, K., Angeles-Shim, R.B., Shim, J., Nagai, K., Ashikari, M., Takashi, T. 2016. Development of chromosome segment substitution lines harboring Oryza nivara genomic segments in Koshihikari and evaluation of yield-related traits. Breeding science, 66(5): 845-850 

 
Bessho-Uehara, K., Wang, D.R., Furuta, T., Minami, A., Nagai, K., Gamuyao, R., Asano, K., Angeles-Shim, R.B., Shimizu, Y., Ayano, M., Komeda, N., Doi, K., Miura, K., Toda, Y., Kinoshita, T., Okuda, S., Higashiyama, T., Nomoto, M., Tada, Y., Shinohara, H., Matsubayashi, Y., Greenberg, A., Wu, J., Yasui, H.,Yoshimura, A., Mori, H., McCouch, S.R., Ashikari, M. 2016. Loss of function at RAE2, a previously unidentified EPFL, is required for awnlessness in cultivated Asian rice. PNAS, 113(32): 8969-8974 

 
Ramos, J.M., Furuta, T., Uehara, K., Chihiro, N., Angeles-Shim, R.B., Shim, J., Brar, D.S., Ashikari, M., Jena, K.K. 2016. Development of chromosome segment substitution lines (CSSLs) of Oryza longistaminata A. Chev. & Röhr in the background of the elite japonica rice cultivar, Taichung 65 and their evaluation for yield traits. Euphytica, 210(2): 151-163

 
Kurokawa, Y., Noda, T., Yamagata, Y., Angeles-Shim, R., Sunohara, H., Uehara, K., Furuta, T., Nagai, K., Jena, K.K., Yasui, H., Yoshimura, A., Ashikari, M., Doi, K. 2016. Construction of a versatile SNP array for pyramiding useful genes of rice. Plant science, 242: 131-139

 
Shinada, H., Yamamoto, T., Sato, H., Yamamoto, E., Hori, K., Yonemaru, J., Sato, T., and Fujino, K. 2015. Quantitative trait loci for rice blast resistance detected in a local rice breeding population by genome-wide association mapping. Breeding Science 65(5): 388-395
 

 
Taguchi-Shiobara, F., Ota, T., Ebana, K., Ookawa, T., Yamasaki, M., Tanabata, T., Yamanouchi, U., Wu, J., Ono, N., Nonoue, Y., Nagata, K., Fukuoka, S., Hirabayashi, H., Yamamoto, T., and Yano, M. 2015. Natural variation in the flag leaf morphology of rice due to a mutation of the NARROW LEAF 1 gene in Oryza sativa L. Genetics 201(2): 795-808 

 
Shinada, H., Yamamoto, T., Yamamoto, E., Hori, K., Hirayama, Y., Maekawa, T., Kiuchi, H., Sato, H., and Sato, T. 2015. Quantitative trait loci for whiteness of cooked rice detected in improved rice cultivars in Hokkaido. Breeding Science 65(3): 201-207

 
Wada, T., Miyahara, K., Sonoda, J., Tsukaguchi, T., Miyazaki, M., Tsubone, M., Ando, T., Ebana, K., Yamamoto, T., Iwasawa, N., Umemoto, T., Kondo, M., and Yano, M. 2015. Detection of QTLs for white-back and basal-white grains caused by high temperature during ripening period in japonica rice. Breeding Science 65(3): 216-225

 
Ujiie, K., Yamamoto, T., Yano, M., and Ishimaru, K. 2015. Genetic factors determining varietal differences in characters affecting yield between two rice ( Oryza sativa L.) varieties, Koshihikari and IR64. Genetic Resources and Crop Evolution 63(1): 97-123 

 
Hori, K., Nonoue, Y., Ono, N., Shibaya, T., Ebana, K., Matsubara, K., Ogiso-Tanaka, E., Tanabata, T., Sugimoto, K., Taguchi-Shiobara, F., Yonemaru, J., Mizobuchi, R., Uga, Y., Fukuda, A., Ueda, T., Yamamoto, S., Yamanouchi, U., Takai, T., Ikka, T., Kondo, K., Hoshino, T., Yamamoto, E., Adachi, S., Nagasaki, H., Shomura, A., Shimizu, T., Kono, I., Ito, S., Mizubayashi, T., Kitazawa, N., Nagata, K., Ando, T., Fukuoka, S., Yamamoto, T., and Yano, M. 2015. Genetic architecture of variation in heading date among Asian rice accessions. BMC Plant Biology 15: 115

 
Matsubara, K., Yamamoto, E., Mizobuchi, R., Yonemaru, J., Yamamoto, T., Kato, H., and Yano, M. 2015. Hybrid breakdown caused by epistasis-based recessive incompatibility in a cross of rice ( Oryza sativa L.). Journal of Heredity 106(1): 113-122

 
Fukuda, A., Sugimoto, K., Ando, T., Yamamoto, T., and Yano, M. 2015. Chromosomal locations of a gene underlying heat-accelerated brown spot formation and its suppressor genes in rice. Molecular Genetics and Genomics 290(3): 1085-1094

 
Yano, K., Ookawa, T., Aya, K., Ochiai, Y., Hirasawa, T., Ebitani, T., Takarada, T., Yano, M., Yamamoto, T., Fukuoka, S., Wu, J., Ando, T., Ordonio, R.L., Hirano, K., and Matsuoka, M. 2015. Isolation of a novel lodging resistance QTL gene involved in strigolactone signaling and its pyramiding with a QTL gene involved in another mechanism. Molecular Plant 8(2): 303-314 

 
Nagaki, K., Tanaka, K., Yamaji, N., Kobayashi, H., and Murata, M. 2015. Sunflower centromeres consist of a centromere-specific LINE and a chromosome-specific tandem repeat. Frontiers in Plant Science, 6: 912

 
Habu, Y., Ando, T., Ito, S., Nagaki, K., Kishimoto, N., Taguchi-Shiobara, F., Numa, H., Yamaguchi, K., Shigenobu, S., Murata, M., Meshi, T., and Yano, M. 2015. Epigenomic modification in rice controls meiotic recombination and segregation distortion. Molecular Breeding 35: 644-653
 

 
Tek, A. L., Stupar, R. M., Nagaki, K. 2015. Modification of centromere structure: a promising approach for haploid line production in plant breeding. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 38: 1-6.

 
Furuta, T., Komeda, N., Asano, K., Uehara, K., Gamuyao, R., Angeles-Shim, R.B., Nagai, K., Doi, K., Wang, D.R., Yasui, H., Yoshimura, A., Wu, J., McCouch, S.R., Ashikari, M. 2015. Convergent loss of awn in two cultivated rice species Oryza sativa and Oryza glaberrima is caused by mutations in different loci. G3, 5(11): 2267-2274 

 
Song, X.J., Kuroha, T., Ayano, M., Furuta, T., Nagai, K., Komeda, N., Segami, S., Miura, K., Ogawa, D., Kamura, T., Suzuki, T., Higashiyama, T., Yamasaki, M., Mori, H., Inukai, Y., Wu, J., Kitano, H., Sakakibara, H., Jacobsen, S.E., Ashikari, M. 2015. Rare allele of a previously unidentified histone H4 acetyltransferase enhances grain weight, yield, and plant biomass in rice. PNAS, 112(1): 76-81

 
Takai, T., Ikka, T., Kondo, K., Nonoue, Y., Ono, N., Arai-Sanoh, Y., Yoshinaga, S., Nakano, H., Yano, M., Kondo, M., and Yamamoto, T. 2014. Genetic mechanisms underlying yield potential in the rice high-yielding cultivar Takanari, based on reciprocal chromosome segment substitution lines. BMC plant biology 14: 295 

 
Ookawa, T., Inoue, K., Matsuoka, M., Ebitani, T., Takarada, T., Yamamoto, T., Ueda, T., Yokoyama, T., Sugiyama, C., Nakaba, S., Funada, R., Kato, H., Kanekatsu, M., Toyota, K., Motobayashi, T., Vazirzanjani, M., Tojo, S., and Hirasawa, T. 2014. Increased lodging resistance in long-culm, low-lignin gh2 rice for improved feed and bioenergy production. Scientific Reports 4: 6567 

 
Yamamoto, E., Iwata, H., Tanabata, T., Mizobuchi, R., Yonemaru, J., Yamamoto, T. (corresponding), and Yano, M. 2014. Effect of advanced intercrossing on genome structure and on the power to detect linked quantitative trait loci in a multi-parent population: a simulation study in rice. BMC Genetics 15: 50 

 
Yonemaru, J., Mizobuchi, R., Kato, H., Yamamoto, T., Yamamoto, E., Matsubara, K., Hirabayashi, H., Takeuchi, Y., Tsunematsu, H., Ishii, T., Ohta, H., Maeda, H., Ebana, K., and Yano, M. 2014. Genomic regions involved in yield potential detected by genome-wide association analysis in Japanese high-yielding rice cultivars. BMC Genomics 15: 346 

 
Shinada, H., Yamamoto, T., Yamamoto, E., Hori, K., Yonemaru, J., Matsuba, S., and Fujino, K. 2014. Historical changes in population structure during rice breeding programs in the northern limits of rice cultivation. Theoretical and Applied Genetics 127(4): 995-1004

 
Adachi, S., Baptista, L.Z., Sueyoshi, T., Murata, K., Yamamoto, T., Ebitani, T., Ookawa, T., Hirasawa, T. 2014. Introgression of two chromosome regions for leaf photosynthesis from an indica rice into the genetic background of a japonica rice. Journal of Experimental Botany 65(8): 2049-2056 

 
Tek, A. L., Kashihara, K., Murata, M., Nagaki, K. 2014. Identification of the centromere-specific histone H3 variant in Lotus japonicus. Gene 538: 8-11

 
山本敏央 (2014) 多収稲の光合成能力に貢献するGPS遺伝子を発見 ニューカントリー 61(8):50-51
 
山本敏央, 髙井俊之 (2014) 多収イネの光合成能力に貢献する遺伝子の特定 明日の食品産業 (448):35-39
 
Furuta, T., Uehara, K., Angeles-Shim, R.B., Shim, J., Ashikari, M., Takashi, T. 2014. Development and evaluation of chromosome segment substitution lines (CSSLs) carrying chromosome segments derived from Oryza rufipogon in the genetic background of Oryza sativa L. Breeding science, 63(5): 468-475

 

Abe, T., Nonoue, Y., Ono, N., Omoteno, M., Kuramata, M., Fukuoka, S., Yamamoto, T., Yano, M., and Ishikawa, S. 2013. Detection of QTLs to reduce cadmium content in rice grains using LAC23/Koshihikari chromosome segment substitution lines. Breeding Science 63(3): 284-291

 
Takai, T., Adachi, S., Taguchi-Shiobara, F., Sanoh-Arai, Y., Iwasawa, N., Yoshinaga, S., Hirose, S., Taniguchi, Y., Yamanouchi, U., Wu, J., Matsumoto, T., Sugimoto, K., Kondo, K., Ikka, T., Ando, T., Kono, I., Ito, S., Shomura, A., Ookawa, T., Hirasawa, T., Yano, M., Kondo, M., and Yamamoto, T. 2013. A natural variant of NAL1, selected in high-yield rice breeding programs, pleiotropically increases photosynthesis rate. Scientific Reports 3: 2149

 
Adachi, S., Nakae, T., Uchida, M., Soda, K., Takai, T., Oi, T., Yamamoto, T., Ookawa, T., Miyake, H., Yano, M., and Hirasawa, T. 2013. The mesophyll anatomy enhancing CO2 diffusion is a key trait for improving rice photosynthesis. Journal of Experimental Botany 64 (4): 1061-1072 

 
Iwata, A., Tek, A. L., Richard, M. M, Abernathy, B., Fonsêca, A., Schmutz, J., Chen, N. W., Thareau, V., Magdelenat, G., Li, Y., Murata, M., Pedrosa-Harand, A., Geffroy, V., Nagaki, K., Jackson, S. A. 2013. Identification and characterization of functional centromeres of common bean. Plant Journal 76: 47-60.  

 
Shibata, F., Nagaki, K., Yokota, E., Murata, M. 2013. Tobacco karyotyping by accurate centromere identification and novel repetitive DNA localization. Chromosome Res. 21: 375-381 

 
Murata, M., Shibata, F., Hironaka, A., Kashihara, K., Fujimoto, F., Yokota, E., Nagaki, K. 2013. Generation of an artificial ring chromosome in Arabidopsis by the Cre/LoxP-mediated recombination. Plant Journal 74: 363-371.

 
Takai, T., Ohsumi, A., Arai, Y., Iwasawa, N., Yano, M., Yamamoto, T., Yoshinaga, S., and Kondo, M. 2013. QTL analysis of leaf photosynthesis in rice. Japan Agricultural Research Quarterly 47(3): 227-235 

 
安部匡, 倉俣正人, 岩崎行玄, 本間利光, 茨木俊行, 山本敏央, 矢野昌裕, 村上政治, 石川覚 (2013) ガンマ線照射による突然変異育種法を用いた難脱粒性カドミウムファイトレメディエーション用イネ系統「MJ3」および「MA22」の育成 育種学研究 15(2): 17-24
 

Yamamoto, E., Yonemaru, J., Yamamoto, T., and Yano, M. 2012. OGRO: The overview of functionally characterized genes in rice online database. Rice 5: 26

 
Yonemaru, J., Yamamoto, T. (co-first), Ebana, K., Yamamoto, E., Nagasaki, H., Shibaya, T., and Yano, M. 2012. Genome-wide haplotype changes produced by artificial selection during modern rice breeding in Japan. PLoS ONE 7(3): e32982 

 
Nagaki, K., Yamamoto, M., Yamaji, N., Mukai, Y., Murata, M. 2012. Chromosome dynamics visualized with an anti-centromeric histone H3 antibody in Allium. PLOS ONE 7(12): e51315. 

 
Banaei-Moghaddam, A. M., Schubert, V., Kumke, K., Klemme, S., Weiß, O., Nagaki, K., Macas, J., González-Sánchez, M., Heredia, V., Gómez-Revilla, D., González-García, M., Vega, J., Puertas, M. and Houben, A. 2012. Nondisjuction in favour of a chromosome - the mechanism of rye B chromosome accumulation at pollen mitosis. The Plant Cell 24: 4124-4134.

 
Nagaki, K., Shibata, F., Kanatani, A., Kashihara, K. and Murata, M. 2012. Isolation of centromeric-tandem repetitive DNA sequences by chromatin affinity purification using a HaloTag7-fused centromere-specific histone H3 in tobacco. Plant Cell Reports 31: 771-779.

 

2011年以前の論文については、コチラをご覧ください。
山本敏央教授の全論文リスト(Research mapへのリンク
長岐清孝准教授の全論文リスト(Elsevier Pureへのリンク
古田智敬助教の全論文リスト(Research mapへのリンク
 

 
  • 生物学教材

・はじめての染色体〜染色体写真集&実験マニュアル〜

 
 PLOS ONE(2012年12月7日号)で発表した研究結果(タマネギの細胞分裂の3D詳細解析)を中心とした私たちの成果に基づいた電子書籍です。最新の3D解析データー画像に加えてインタラクティブな3Dモデルなども多数掲載しており、生物の副教材としてもご利用いただけるかと思います。この教材には、iPadおよびOSX用のiBooks版、インターネット用のブラウザーでも閲覧可能なWeb版、および動画は動かないけれどオフラインで使えて汎用性もあるPDF版があります。

 iPad用のiBooks版では、インタラクティブに学習することができます。できるだけ鮮明な画像をお届けするために高解像度画像を使用していますので、iPadのバージョンによっては読み込みに時間がかかるる場合があります。こちらのテストではiPad2以降の機種(iPad2、第3世代、第4世代、iPad mini)では快適に利用できました。また、初代iPadでも3Dモデルの表示に3秒程度かかる場合もありましたが、作動はしました。残念ながら、Appleの仕様で「インタラクティブなiBooksファイル」は、iPhoneおよびiPod touchでは作動しません。

 Web版は、iBooks版をWebで試用できるようにダウンコンバートしたものであり、iBooks版と比較して機能が縮小されている部分があります(インタラクティブなことができません)。PDFは印刷用のフォーマットなので、PDF版では動画や3Dモデルは動きません。

*「指導者用のデジタル教材」等としてコンピューターを用いてフルサイズの動画を表示する必要がある方は、PLOS ONEの論文のFigure S3(間期)、Figure S4(前期)、Figure S6(中期)、Figure S7(後期)、Figure S8(終期)、Figure S9(後終期)をご利用ください。「Supporting Information」の部分に上記の動画へのリンクがあります。PLOS ONEは、どなたでも無料で閲覧可能です。

はじめての染色体 for iPad & OSX iBooks (おためし版)

 
iPadで直接ダウンロードするか、コンピューターでダウンロードした後にiTunesを使ってiPadに転送してください。iOS App iBooksを使用して読むことができます。
HajimeteOtameshi.ibooksはじめての染色体(おためし版)をダウンロード(20.3 MB)

はじめての染色体 for iPad & OSX iBooks (Apple Ver. 1)

 
完全版(Apple Ver. 1)は、AppleのiBookstoreからダウンロードできます。

 
←Apple iBookstoreへのリンクです。

はじめての染色体(Web版)

 
Web用のブラウザーで、そのまま御覧になれます。

はじめての染色体(Web版 ver. 1.08)を開く

はじめての染色体 (Web LiVE版)

 
Web用のブラウザーで、そのまま御覧になれます。
(Web LiVE版は、Web版のハイクオリティーバージョンです)

  はじめての染色体(Web LiVE版)を開く

はじめての染色体 (Web LiVE HD版)

 
このバージョンは、Web Live版を横長のモニター(16:9のHD)に最適化してあります。

はじめての染色体(Web LiVE HD版)を開く

はじめての染色体(PDF版)

PDFフォーマットですので多くの電子書籍リーダーやコンピューター、タブレット、スマートフォンでiPadに表示されるものに近い形で御覧になれます。また、Web版とは異なり、オフラインでも利用できます。ただし、「連続写真」や「3Dモデル」は動きません。連続写真の一部については、上記「指導者用のデジタル教材」のところで説明してある、PLOS ONEの論文のFigure S3&4、S6〜9の動画をあらかじめダウンロードしておけば、iPad以外の端末でもiPad版に近い品質で利用することができます
HajimeteJAB4.pdf←はじめての染色体(PDF版)をダウンロード(31.1 MB)

はじめての染色体 nano(PDF版、折りたたみハンドブック)

両面印刷して折りたたむとハンドブックができあがります。軽い気持ちで作りましたが、けっこう便利かも。
Hajimetenano.pdf←はじめての染色体 nano をダウンロード(36 MB)